Unang natunugan ang tungkol sa pagbibitiw sa puwesto ni Santiago sa Malacanang Press Corps ngunit walang kagyat na maibigay na kumpirmasyon si Presidential Spokeperson Harry Roque. Tinawagan ng Radyo Inquirer si Santiago at bagaman hindi nagsabi agad na siya nga ay nagbitiw na, hindi lumaon ay umamin na rin ito.
Ayon kay Santiago, si Executive Secretary Salvador Medialdea ang kumausap sa kanya nitong isang araw, araw ng Linggo, sa pamamagitan ng telepono. Direkta ang mensahe ni Mendialdea ani Santiago. “Galing kay Boss ang mensahe, I was told to quit,” Ang boss na pinatutungkulan ay si Pangulong Rodrigo Duterte.
Kahapon lamang, ika-6 ng Nobyembre ipinasa ni Santiago ang resignation letter, isang pahina, dalawang pangungusap na nagsasaad na “irrevocable” ang resignation at “may personal na bagay siyang dapat na asikasuhin” at “effective immediately”. Sa pamamagitan ng email ipinadala ni Santiago ang kanyang letter of resignation.
Ang bilin sa kanya ani Santiago ay magbitiw ng tahimik na lamang, sabihing kusa ang kanyang pagbibitiw, ngunit hindi nito napigilan na maglabas ng kanyang saloobin.
Sinabi rin ni Santiago sa Radyo Inquirer na ang tingin ay “kumokontra siya” sa polisiya ng pamahalaan lalo na ang patungkol sa itinayong Mega Drug Rehabilitation Facility sa Fort Magsaysay, sa Nueva Ecija. Lumabas ang artikulo tungkol doon sa Philippine Daily Inquirer at ayon kay Santiago, nang makita niya ang banner story ng pahayagan, nasabi niya sa kanyang maybahay na. “Tapos na ito,” na ang ibig sabihin ay alam niyang hindi maglalaon, siya ay hihilinging umalis sa puwesto. Nilinaw ni Santiago na hindi niya sinabi na isang pagkakamali ang Mega Rehabilitation Center. “I never said it was a mistake” ayon sa retiradong heneral. Gayunman, sinabi niya na binanggit lamang niya ang katotohanan na ang pasilidad ay hindi puno, halos bakante, “kakalog-kalog|,
Sa isang naunang panayam ng Radyo Inquirer, binanggit ni Santiago na nagpapanukala siya ng ibang gamit sa itinayong pasilidad dahil sa napakalayo nito at hindi mapuntahan ng mga pamilya ng mga drug dependents na sumailalim sa rehablitasyon. “Pero, kontra-pelo daw ako, wala akong magagawa kung iyan ang tingin nila kahit pa nga ako ang nagtatanggol sa drug war ng administrasyon,” dagdag pa ni Santiago.
Nagkausap ba sila ni Pangulong Duterte.?
Ani Santiago, kung hindi siya ipapatawag ay hindi na kailangan. Nauunawaan daw niya ang pangulo at sinabing wala siyang sama ng loob, ” Alam mo naniniwala ako sa Rule No. 1. The Boss is always right. Rule No. 2. If you think the Boss is not right, refer to rule no. 1″.
Ang pangalan ni Santiago sa pasimula pa lamang ng drug war ng pamahalaan ay laging binabanggit ni Pangulong Duterte sa kanyang mga talumpati na may patungkol sa numerong ibinigay niya noon tungkol sa kung gaano na ba kalala ang problema ng illegal drugs sa Pilipinas. Dati kasing pinuno ng Philippine Drug Enforcement Agency o PDEA si Santiago kaya may mga hawak itong datos patungkol sa sitwasyon ng illegal drugs trade sa bansa.
Nakasama rin ni Pangulong Duterte si Santiago noong panahon ng kampanya at magkatuwang na nagsalita ng tungkol sa problema ng ilegal na droga sa bansa.