Kabilang sa mga nasawi ang isang matandang babaeng nasa edad 70 na sakay-sakay ng rescue helicopter.
Nahulog ang matanda sa taas na 131 feet sa Iwaki City sa Fukushima prefecture.
Nasa 100 naman ang nasaktan dahil sa pananalasa ng bagyo.
Ayon sa local media, 14 na ilog ang umapaw na naging dahilan ng malawakang pagbaha.
Malaki na ang pinsala ng bagyo sa eastern Japan ayon kay government spokesman Yoshihide Suga.
Sa ngayon, nagpapatuloy ang rescue operations ng higit 100,000 personnel kabilang ang 31,000 katao para iligtas ang mga naipit sa mga pagguho ng lupa at pagbaha,
Ang Typhoon Hagibis ay sinasabing ang pinakamalakas na bagyong tumama sa Japan makalipas ang 60 taon.
Taglay ng bagyo ang lakas ng hanging aabot sa 216 kilometro bawat oras nang mag-landfall sa Honshu.