Ayon sa Commission on Audit (COA), hindi nasunod ng PEZA ang flowchart sa pamimigay ng preconstruction permits.
Sa ilalim ng proseso, ang mga locator o enterprises, na nakikipag-ugnayan sa PEZA sa pagtatayo ng mga lugar para sa mga dayuhang turista, ay dapat lamang na kumukuha ng mga permit sa Support Services Department finished site inspection at pagkatapos makabayad ng kaukulang fee.
Pero sinabi ng mga tauhan ng PEZA na ang ilang locators ay nakuha ang Statement of Assessments na basehan sa pagbabayad ng permit fees pero sa sarili nilang discretion.
Bilang tugon ay sinabi ng PEZA na gumagawa na sila ng billing and collection system para sa epektibong monitoring ng locators at developers at susulatan nila ang mga pasaway na developers para magbayad sa kanilang Legal Service Group.