Sa kaniyang pahayag sinabi ni Pernia na matapos ang kaniyang reflection noong Holy Week at konsultasyon sa kaniyang pamilya at malalapit na katrabaho ay nagpasya siyang magbitiw bilang kalihim ng Socioeconomic Planning.
Dalawa ang binanggit na dahilan ni Pernia sa pagbibitiw.
Una ay ang personal reasons at ikalawa ay ang hindi aniya pagkakahalintulad ng development philosopy niya sa ilang kapwa niya cabinet members.
Pinasalamatan ni Pernia si Pangulong Rodrigo Duterte sa pagtatalaga sa kaniya sa nasabing pwesto.
Karangalan aniyang mapagsilbihan ang bansa sa ilalim ng administrasyong Duterte sa loob ng halos 4 na taon.
Pinasalamatan din ni Pernia ang mga kasamahan niya sa NEDA.