Base sa Executive order no. 90 na nilagdaan ni Pangulong Duterte, binabaliktad nito ang EO no. 54 na pinirmahan noong 1999.
Sa bagong kautusan ng pangulo, magiging chairman ang kalihim ng DENR ng PRRC habang magiging co-chairman naman ng PRRC ang chairman ng Metropolitan Manila Development Authority (MMDA).
Magsisilbing miyembro ng komisyon ang mga kalihim o kinatawan ng Department of Public Works and Highways (DPWH), DBM, Department of Tourism (DOT), Department of Transportation (DOTr), Department of Finance (DOF), Department of Trade and Industry (DTI), Department of National Defense (DND), Department of the Interior and Local Government (DILG), Department of Human Settlements and Urban Development, Office of the Executive Secretary at tatlong kinatawan mula sa pribadong sector na itatalaga ng pangulo.
Iniuutos din ng batas ang mahigpit na pag-uugnayan at pagbabantay ng mga ahensyang naatasang mangasiwa sa rehabilitasyon ng Pasig River at iba pang major waterways sa Metro Manila upang matiyak na maiwasan ang polusyon.
Pinagagamit naman sa DENR ang lahat ng paraan at available technologies o kagamitan upang maibalik sa dati nitong ganda at kalinisan ang Pasig River.