Nagsimula ang misa alas 10:00 ng umaga sa na pinamunuan ni Bishop Sofronio Bancud.
Dumalo rin sa Funeral Mass si Papal Nuncio to the Philippines Archbishop Gabriele Giordano Caccia.
Ayon kay Bishop Bancud, nagpahatid si Pope Francis ng pakikiramay sa mga naulila ni Fr. Nilo at ang mensahe ay ipinarating sa pamamagitan ng papal nuncio.
Matapos ang misa ay nagbahagi ng kani-kanilang karanasan at pagkakakilala kay Fr. Nilo ang mga natulungan ng pari.
Kabilang sa nagbahagi ang isang ama na ikinuwento kung paanong tinulungan ni Fr. Nilo ang kaniyang pamilya ng magkasakit ang kaniyang anak.
Si Fr. Nilo ay inihatid sa huling hantungan sa Cathedral Crypt ng St. Nicholas of Tolentine sa Lakewood, Cabanatuan City.